Réserve naturelle des Grottes de la Côte de la Baume

La réserve naturelle se trouve sur le flanc de la reculée de Vaux-sur-Poligny. Les parcelles concernées présentent une forêt de pente, laissée en évolution libre depuis plus de 20 ans. De belles érablaies à Scolopendre des pentes froides à éboulis grossiers peuvent notamment être observées. Cet habitat est considéré comme d'intérêt prioritaire au titre de la Directive européenne "Habitat, Faune, Flore". Cette réserve naturelle a été créée principalement pour la préservation des cavités naturelles, expliquant sa surface réduite.

La réserve naturelle s'inscrit dans un ensemble cohérent de milieux souterrains protégés pour les chauves-souris. La grotte fait notamment partie du réseau des cavités utilisées par le Minioptère de Schreibers, tout au long de son cycle biologique annuel (hibernation, transit, mise-bas).
Quatorze espèces, ou groupes d'espèces, de chauves-souris fréquentent actuellement cette cavité, avec la prédominance de plusieurs espèces sensibles au niveau franc-comtois. Le Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersii) fréquente les cavités lors des périodes de transit de printemps et d'automne avec des effectifs qui atteignent 200 individus. Le Grand rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum) utilise une de ces cavités comme gîte de mise-bas. Cette colonie d'environ 150 individus passe l'hiver dans la grotte voisine. Ces grottes constituent également un site refuge d'hibernation pour d'autres espèces, appartenant à la famille des Vespertillonidés.
Le milieu souterrain est fragile et toute modification même minime du biotope est à éviter. La fréquentation humaine dans les sites d'hibernation ou d'estivage est responsable de la mortalité d'individus, ou de leur report vers d'autres sites moins favorables. En conséquence l'accès aux parties souterraines n'est autorisé qu'à pied entre le 1er juin et le 31 octobre dans la Rivière de la Baume et entre le 16 octobre et le 14 avril dans le Trou de la Baume. En dehors de ces périodes, l'accès aux grottes est interdit au public. De plus, certains oiseaux rupestres remarquables comme le Faucon pèlerin utilisent les falaises comme aire de reproduction. Une partie de la Réserve est ainsi également concerné par un Arrêté Préfectoral de Protection de Biotope (Corniches calcaires du Jura, 5 juillet 2013) et certaines activités sont interdites du 15 février au 15 juin pour garantir la tranquillité du milieu et des espèces associées.